您提到的“旷一罚三，三天旷为自离要扣12天工资”的合同条款，其合法性需结合具体情况判断。以下为您详细分析不同情形下的法律认定：
旷一罚三及旷工三天自离扣12天工资的约定通常是违法的。
1. 若存在“旷一罚三”的约定：即使劳动合同中有此条款，该约定也因违反《中华人民共和国劳动法》第五十条“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资”的强制性规定而无效，用人单位无权因员工旷工一天扣除三天工资。
2. 若存在“旷工三天自离扣12天工资”的约定：此约定同样违法。即使员工旷工三天，用人单位可以依据合法有效的规章制度解除劳动合同，但无权扣除员工12天工资。工资是劳动者付出劳动的合法报酬，用人单位仅能扣除员工旷工期间的相应工资，而不能额外惩罚性扣除。
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在判断“旷一罚三，三天旷为自离要扣12天工资”条款的违法性时，还需考虑以下特殊情况或例外情形，它们可能会对问题的处理产生一定影响：
1. 用人单位能证明因劳动者旷工造成了实际经济损失：如果用人单位能够提供充分证据证明劳动者的旷工行为直接导致了其经济损失（例如，因旷工导致重要合同违约、生产停滞等），根据《工资支付暂行规定》第十六条，用人单位可以要求劳动者赔偿损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。此时，用人单位扣除的是赔偿款，而非基于“旷一罚三”的惩罚性扣款，这与合同中直接约定扣12天工资的性质不同，但仍需遵循法定比例和下限。
2. 规章制度的制定程序和公示情况：即使规章制度中也有类似“旷一罚三”或“旷工三天自离扣12天工资”的规定，如果该规章制度的制定未经过职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定，或者未向劳动者公示、告知，那么该规章制度本身对劳动者不具有法律约束力。用人单位依据这样的规章制度进行扣款，依然是违法的。但如果规章制度的程序合法，但内容违法（如“旷一罚三”），则内容部分无效。
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在处理“旷一罚三，三天旷为自离要扣12天工资”这类劳动争议时，劳动者可能会因不了解法律规定而采取一些错误操作，导致自身权益受损：
1. 默认违法扣款不提出异议：有些劳动者认为合同有约定就只能遵守，或者担心维权会丢工作，对用人单位的“旷一罚三”或扣12天工资的行为不提出任何异议，默默忍受。这会助长用人单位的违法行为，也使自己的合法工资权益受到侵害。
2. 以旷工对抗旷工扣款：部分劳动者在发现用人单位进行违法扣款后，采取进一步旷工的方式进行对抗，认为“你扣我工资，我就不上班”。这种做法不仅无法解决已被扣工资的问题，反而可能因自身的旷工行为给用人单位以“严重违反规章制度”为由解除劳动合同的口实，使自己陷入更不利的境地。
3. 自行离职后放弃追索：一些劳动者在遭遇此类不公后，选择直接离职并放弃追讨被克扣的工资。实际上，即使离职，劳动者依然有权要求用人单位支付其应得的劳动报酬，包括被违法克扣的部分。放弃追索等于主动放弃了自己的合法权益。
如果您已经采取了上述错误操作，或者对如何正确维权感到困惑，建议尽快向专业律师咨询，以免错过最佳维权时机或造成更大损失。
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“旷一罚三，三天旷为自离要扣12天工资”的约定不仅违法，劳动者在面对此类情况时，还可能面临一些潜在的法律风险：
1. 用人单位以“自离”为由拒绝办理离职手续和结算工资。如果您因对“旷一罚三”和扣12天工资不满而与用人单位发生争执，用人单位可能会以您“旷工三天属于自离”为由，拒绝为您出具解除劳动合同证明、办理社保转移等离职手续，并且以此为由拒绝结算任何剩余工资，包括您正常工作期间的工资。这会给您后续找工作、社保续接等带来麻烦。

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